โรงเรียนมูลนิธิสตรีไทยมุสลิม ก่อตั้งขึ้นโดยมูลนิธิมูลนิธิช่วยเหลือเด็กกำพร้าของสตรีไทยมุสลิมแห่งประเทศไทย ในพระบรมราชูปถัมภ์ ซึ่งได้มีการยื่นขอใบอนุญาตต่อกระทรวงศึกษาธิการเพื่อเปิดเป็นโรงเรียนสอนวิชาสามัญ
เมื่อวันที่ 24 มีนาคม 2508 โดยแต่งตั้งให้คุณมาลี อติแพทย์ เป็นผู้จัดการโรงเรียน คุณกฤษณา อมรทัต เป็นครูใหญ่ และ หม่อมงามจิตต์ บุรฉัตร เป็นเจ้าของโรงเรียน เมื่อวันที่ 11 กรกฎาคม พ.ศ. 2516 ได้มีการแต่งตั้งคุณหญิงแสงดาว สยามวาลา ดำรงตำแหน่งเป็นเจ้าของโรงเรียนสตรีไทยมุสลิม ปัจจุบัน นางอัจฉรา (สยามวาลา) ณ สงขลา เป็นผู้รับใบอนุญาตและผู้จัดการโรงเรียน โดย นางสาวสุดใจ ประสานแสง ดำรงตำแหน่งเป็นผู้อำนวยการโรงเรียนมูลนิธิสตรีไทยมุสลิม คนปัจจุบัน
วัตถุประสงค์ของมูลนิธิช่วยเหลือเด็กกำพร้าของสตรีไทยมุสลิมแห่งประเทศไทย ในพระบรมราชูปถัมภ์ ในการก่อตั้งโรงเรียนมูลนิธิสตรีไทยมุสลิม เพื่อดำเนินตามหลักการที่มูลนิธิฯได้วางไว้ ซึ่งมูลนิธิฯ จะให้การศึกษาโดยไม่แบ่งแยกเชื้อชาติ ศาสนา ที่เป็นเด็กกำพร้า หรือรวมไปถึงเด็กขาดแคลนเป็นประการสำคัญ โดยโรงเรียนมูลนิธิสตรีไทยมุสลิมรับเด็กนักเรียนตั้งแต่ชั้นอนุบาล 1 – ชั้นประถมศึกษาปีที่ 6
